在大法官解釋通過同婚後，民眾對愛滋感染者的疑慮不減反增。雖政府和醫界長期宣導，愛滋感染者其傳染途徑明確，和常人共同生活並無疑慮，且政府也已經對愛滋感染者極盡一切政策上的優惠，但實務上民眾仍對愛滋感染者有一定程度的疑慮。
像是去年曾引起爭議，外籍勞工進入台灣不須進行愛滋篩檢就是一例。而當時有網友說，發現自己家中外勞感染愛滋，但勞動部表示不能解聘該外勞外，解決方法就只能替該名外勞再找新的雇主，讓該名網友大嘆「難道是在抓交替嗎？」
就醫方面，許多診所在得知病患為愛滋感染者後，常常採取類似「防衛性」醫療，將患者的序號排到最後、或告知因必須全面更換手術器材以避免感染。究其原因，可能是法規上並未保障醫療人員在接觸愛滋患者時，若遭遇何意外有無免責或醫療人員遭感染時，並無任何補償或救濟措施。過去2011年時，台大也曾發生愛心捐贈器官移殖，卻誤將感染愛滋者的器官移植，而此案件也導致時任台大醫生柯文哲被懲處，他形容根本是「殺人滅口」，這案件也成為他出來參選台北市長的遠因。
而同婚通過後，民眾普遍的印象是這可能將使得愛滋感染更加嚴重。同志族群長期和愛滋感染脫不開關係，就疾管署5月最新的資料顯示，台灣目前可掌控的愛滋感染族群中，高達73%屬於34-15歲青壯年族群，且其中男性比例逼近9成，而遭感染的原因，更有85%為「男男間不安全性行為」。過去許多同運團體雖一再強調、倡導應進行「安全性行為」、「如何正確安全地轟趴」等課程教導，但明顯這幾年間男同志感染率未減反增。對此，許多同運團體、甚至疾管署均稱，「這是因為匿名篩檢的方便性和近年廣泛推廣篩檢，接受篩檢人數增加，黑數變少才上升。」此一說法顯然難以說服民眾。
近年更將愛滋納入健保「慢性病」的給付範圍，開始服藥二年內由政府支應，開始服藥二年後的醫療費用，則由健保給付，每年健保署均須編列35億預算以支應。也有民眾質疑，同婚通過是否將增加前身為宇昌的中裕藥廠獲利？中裕藥廠則澄清，目前股東持股人中，並無身為有名的政治人物，且愛滋藥的獲利在台因有健保限制，獲利有限，且在台當初就並沒有想要獲利的想法。但中裕的說法中，即是在台獲利有限，但健保的確針對愛滋藥物進行補助，中裕也因此獲利。
近年來，政府面對同志族群已經極盡其可能地優惠，在醫療保健上、社會福利上給予多筆預算和各式各樣政策上的支持，現在更是用釋憲強硬打開民法上婚姻的大門，但對於台灣一般地老百姓來說，恐怕無感。民間團體常以「愛最大」、「愛是平等」等虛幻地口號呼喊，但這種看似美好、平等地口號終究只是幻覺，同志族群在醫療、婚姻等權利上或許取得了權益，但許多百姓的家庭早已陷入水深火熱，卻仍難以獲得政府援助。比照行政院祕書長陳美玲日前大動作召開跨部會的會議，大力推動同婚相關事宜，看在市井小民的眼中，不勝唏噓。
