馮世寬23日首度前往立院做報告質詢，立委黃昭順質詢時，問馮世寬說，「你支持台灣獨立嗎？」「我不會支持台灣獨立，我從來沒有聽過蔡主席到蔡總統講過台灣獨立。」黃昭順進一步問，「若他們支持台灣獨立，你會辭掉國防部長嗎？」「辭掉部長不是問題，問題是國軍今天是不是已經國家化了，並不戀棧！」
立委管碧玲聞訊後，立刻趕至外交及國防委員會，並詢問馮世寬是否要修改立場或言論，馮說不需要修正，「也從沒聽過總統蔡英文講過台灣獨立。」管碧玲接著問，「若不支持台獨，那國軍保不保衛台獨？」馮回答，「國軍保衛2300萬人，」管追問「保不保衛台獨份子？」「我們不會特別指出來，」管碧玲認為，不支持台獨這句話不應該從國防部長口中說出，接著舉民調指出，2014年台灣人們當中支持台獨的民意超過2成。
管碧玲接著問，「為什麼不直接回答說，國軍保衛全國人民我們不去分類，或說，我支不支持台獨不重要，但是國軍保衛全台2300萬人民？」馮世寬聽聞立刻放鬆表情便說，「早教我就會這麼說了，我願意這麼說。」引來全場大笑，管碧玲要求馮收回那句話，他也答應。
國防部長首日質詢偶有火花，而更有爆料者質疑新任國防部長馮世寬的宗教信仰，他在淡水行天武聖宮拜的是濟公，還會向起乩的住持玄微師父「問事」，民眾批評他「不問蒼生問鬼神」。對此，馮世寬23日上午受訪時表示，「宗教一個普世價值耶！宗教信仰自由，是民主、人權外最重要的事。」
爆料者更說，馮本來是基隆和平島天顯宮「伍顯大帝」的弟子，後來因人介紹而到淡水行天武聖宮參拜。不過馮是在漢翔公司董事長退休後，才較常參與行天武聖宮的活動，因此被師父委以「主委」職務。還有媒體問說，有煩惱時尋求信仰心靈會更開闊嗎？他說，「我從來沒有煩惱，我自己非常樂觀，還很進取！」（馮紹恩/綜合報導）
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