立法院民進黨團，為了反制中國勢力滲透，預計要在12月31日院會中，力拼「反滲透法」三讀過關。國民立院黨團質疑，該法案沒有行政院版本，而且違反程序正義，加上條文定義模糊，恐有侵害人民言論自由之虞，不應強行在本會期通過，留給2020年新民意。現在，國內的宗教界、醫界都有反彈聲音，去年發起愛家三公投的下一代幸福聯盟理事長曾獻瑩也憂心，會對公投推動團體造成傷害。
反滲透法草案重點包含：主張採非和平手段危害我國主權的國家或團體，屬「境外敵對勢力」。受滲透來源指示，捐贈政治獻金或資助公投案相關活動，最重判五年，罰500萬。以強暴、脅迫等方式擾亂社會秩序，或妨害合法的集會遊行，最重判7年罰500萬。妨害選舉罷免或公投等行為的刑責規定，加重其刑至1/2。法人、團體或機構犯罪者，罰其行為負責人，並對該單位科以罰金。
幸福盟理事長曾獻瑩表示，反滲透法草案讓許多公投推動團體，感到提心吊膽、杯弓蛇影、人心惶惶。以幸福盟為例，過去從來沒有接受過大陸經費，但有時候一些團體或媒體，以影射方式，如果再加上反滲透法，勢必會對公投推動團體造成嚴重的傷害。
根據中國時報的報導指出，宗教界擔憂，未來兩岸宗教交流恐全數中斷，如此大開民主倒車，簡直比國民黨過去的白色恐怖，還要恐怖。醫界也很憂心，以後去對岸演講收講師費、吃頓飯，可能都會被人檢舉當成共諜，人人自危。有大老認為，醫療本該無國界，台灣醫學如今好不容易走到今天的國際地位，反滲透法若通過簡直是戒嚴，非常不智。
台大醫院前副院長王明鉅受訪時指出，台灣的醫學會通通都是民間組織，但對岸所有的醫學會主管機關都是「大醫學會」，其他醫學會如麻醉科醫學會，都只是其中一個分會，等於百分百都是政府機要，尤其連大陸知名的大型醫院，也都是官方，這樣誰還敢接觸？基因工程、生物資料庫等講題，恐怕也能被冠上「危及國家安全」罪名。（江呈亨／綜合報導）
