中選會在10月24日做出公投公告，後來又在11月2日針對公投第9案到第15案修正行政院意見書並重新公告。對此，領銜提案人下一代幸福聯盟質疑中選會違反公投法，遂向台北高等行政法院（以下簡稱北高行）聲請停止執行，法院裁准停止執行。沒想到中選會卻反斥「裁定違法」，還要提抗告。國民黨立委吳志揚昨（16日）在立院司法法制委員會質詢司法院秘書長呂太郎，他回應：「裁定就是個案的法，它就是法律！」。
吳志揚質詢，北高行已裁准停止執行，中選會就應該停止執行？呂太郎表示，法院裁定在國案就法律。吳再追問，中選會要提抗告，會影響停止執行的效力嗎？呂回應，原則上不會。
據《中國時報》報導，中選會表示，北高行在7日裁定前，並未通知中選會表示意見，裁定本身顯然有違法，會委由律師依法提出抗告。呂太郎表示，依照《公投法24條》規定，確實要在28天以前公告，且政府機關的意見書要包含在內，至於能不能變更？呂說個案不便表示意見。
但呂太郎也強調，法院跟立法院是前後段的關係，法院裁定下來個案的法，就是依照法官所宣示，意味著代表全民、代表立法院，都是所有人該遵守的。
對此，中選會在15日發布的新聞稿表示，依《公投法》規定，公投公報需於投票日前2日送達家戶，中選會在9日收到裁定書時，多數公報已印製完成並發送各區公所，若要重新印製，相關作業至少需10日以上，恐導致無公投公報之公投。
至於衍生這場風波的行政院，發言人Kolas Yotaka僅回應，行政院針對公投案的修正意見書並非大幅修改原意，盼民眾透過政府說明，成為公投決定前的參考。中選會為獨立機關，行政院予以尊重。
中選會公然不理會法院裁定，國政研究基金會司法及法制組召集人何展旭在投書Yahoo論壇大嘆，中選會是獨立機關，本應該依據法律獨立行使職權，沒想到卻是獨立於法治之外，成了恣意違法濫權的機關。顯然中選會已淪為只剩立場、目無法治的憲政怪獸。
他也質疑，假若今日補提意見書的，不是上級機關行政院，而是一般人民，中選會還會允許這種「偷吃步」，而修正重新公告嗎？（李蘋/綜合報導）
